Историческое поселение Дрисвяты располагалось не на берегу озера Дрисвяты, где находится современная деревня, а на острове Замок. Там же был построен и первый католический храм. Католический приход в Дрисвятах образовался в 1514 году, в этом же году на средства великого князя литовского Сигизмунда I на острове был построен деревянный костёл во имя Пресвятой Девы Марии.
В 1622 году поселение сгорело и было восстановлено уже на берегу. В 1725 году на средства виленского воеводы Людвика Поцея был построен новый деревянный храм, получивший имя апостолов Петра и Павла. Это было деревянное однобашенное здание прямоугольной формы. Эта церковь сгорела дотла во время Первой мировой войны.
В 1921 году Дрисвяты оказались в составе межвоенной Польской Республики, было начато строительство современного храма, которое продолжалось до 1929 года. Автором проекта храма был известный архитектор Л. И. Дубейковский. После Великой Отечественной войны храм действовал до 1964 года, затем был закрыт и переоборудован в склад.
Возвращён Католической церкви в 1991 году, в 1991—1994 годах проводилась его реконструкция. 29 июня 1994 года церковь была повторно освящена кардиналом Казимиром Свёнтеком.